Khung cảnh gác Khánh trong khu di tích chùa Trăm Gian trước khi được tu bổ với mái vòm cong và nét cổ kính.
Sau khi được hạ giải và thi công, kiến trúc của di tích đã bị thay đổi ở mái vòm thẳng và những nét cổ kính nay đã không còn.
Chân cột trụ gỗ xưa làm bằng đá với những nét hoa văn.
Nay được thay mới bằng loại đá khác và những nét hoa văn cũng khác.
Hoa văn chạm trổ trên kèo của gian thờ tổ sau khi được gỡ xuống.
Đã được thay bằng một kèo gỗ khác với hoa văn cũng khác hẳn.
Những nét chạm khắc đầy tinh xảo và đẹp của ông cha trên kèo gỗ của mái chùa trước đây.
Những họa tiết và cột kèo gỗ sau khi được "tu bổ".
Mái ngói cũ nay đã được thay bằng mái ngói Thạch Bàn với kích thước và họa tiết khác hẳn.
Các cột gỗ với những mộng rất may là đã được giữ lại
Vẫn còn đấu gỗ, một chi tiết rất quan trọng trong việc xây dựng nên cấu trúc chùa.
Rất nhiều các chi tiết và mảnh gỗ cột, trụ và hoa văn sau khi gỡ bỏ đã bị xếp vào góc mà không được coi trọng với đúng giá trị của chúng. Rất may là phiến gỗ chưa hư hỏng nên các nhà khoa học vẫn còn có bằng chứng để khôi phục.
Chùa Trăm Gian đã bị phá như thế nào và vì sao bị phá?
Tại cuộc gặp báo giới chiều ngày 30.8, Sở Văn hóa Thể thao và Du lịch đã có thông cáo giải thích vì sao một vài hạng mục cơ bản của khu di tích chùa Trăm Gian bị xâm hại.
Theo đó, ngày 13/4/2010 Sở KH&ĐT Hà Nội đã phê duyệt chủ trương đầu tư Dự án tu bổ, tôn tạo di tích chùa Trăm Gian. huyện Chương Mỹ và được Sở VHTTDL phê duyệt vào ngày 27/10/2010.
Đến tận sau đó 1 năm, 25/9/2011 Sở VHTTDL cùng nhiều cơ quan chức năng đã có cuộc kiểm tra hiện trạng di tích và kết luận có rất nhiều hạng mục như Ống muống, Thượng điện, nhà Tổ, gác Khánh... đang bị xuống cấp nghiêm trọng và sau đó đã có văn bản trình UBND Thành phố Hà Nội xin phép hạ giải và cung cấp kinh phí tu bổ, tôn tạo.
Tuy nhiên, do tình hình kinh tế khó khăn, UBND Thành phố Hà Nội chưa bố trí được nguồn kinh phí đầu tư nên đến ngày 29/6/2012, UBND thành phố Hà Nội đã ban hành quyết định về việc giao mục tiêu, nhiệm vụ và kế hoạch vốn thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia và một số mục tiêu Thành phố Hà Nội năm 2012 (tức là mới có kế hoạch chứ chưa giao vốn).
Về phía nhà chùa, sau khi đã đề nghị nhiều lần từ năm 2010 xin tu bổ di tích nhưng chưa được cấp phép và cộng thêm sự tiếp tục xuống cấp của di tích (cho dù năm 2011 đã được chống đỡ tạm thời) thì đến mùa mưa bão năm 2012, ngày 1/6 âm lịch nhà chùa đã tự ý hạ giải và thi công hai hạng mục trong di tích trong tình thế cấp bách cho dù sai nguyên tắc.
Tại buổi họp báo, trưởng xã Tiên Phương, huyện Chương Mỹ đã trả lời phóng viên rằng ngày 1/6 âm lịch, khi nhà chùa tự ý hạ giải công trình xã có biết, tuy nhiên xã đã không báo cáo sự việc lên cấp trên và chỉ đến ngày 24/8/2012 sự việc xâm hại di tích được phản ánh trên báo chí thì Sở VHTTDL Hà Nội và nhiều cơ quan chức năng mới được biết.
